Глибоке навчання розкриває докінг металопротеїнів — сліпу пляму у відкритті ліків Металопротеїни присутні всюди в біології — матриксні металопротеїнази при раку, супероксиддисмутаза в нейродегенерації, ендонуклеази у вірусній реплікації. Вони є важливими мішенями для ліків, але обчислювальні інструменти мають з ними труднощі. Проблема в тому, що іони металів приймають різноманітні координаційні геометрії з гнучкими вподобаннями зв'язку та сильними поляризаційними ефектами, які звичайні функції оцінювання не можуть зафіксувати. Більшість інструментів для стикування або повністю ігнорують метали, або обмежуються системами лише з цинком. Хуей Чжан і співавтори представляють MetalloDock — першу фреймворк для глибокого навчання, створений спеціально для металопротеїнів. Ключовою інновацією є авторегресивна стратегія генерації, яка починається з центру металу: спочатку передбачено, який лігандовий атом координується з металом (донорським атомом), а потім будує решту молекули за ковалентною топологією. Обмеження, обізнані з фізикою, забезпечують реалістичні координаційні геометрії протягом усього процесу. У своєму ретельно підібраному бенчмарку з 8 836 металопротеїнових лігандних комплексів, що охоплюють Zn²⁺, Mg²⁺, Ca²⁺, Mn²⁺, Fe²⁺ та Co²⁺, MetalloDock досягає 78,6% успішного стикування — перевершуючи AlphaFold3, Glide та всі інші тестовані методи. Він прогнозує донорські атоми з точністю 88,9% і відтворює координаційні відстані в межах 0,12 Å від кристалічних структур. Справжній тест: перспективні експерименти. Віртуальний скринінг проти PSMA виявив два нових інгібітори (IC₅₀ = 0,22–0,38 мкм). Раціональна конструкція, спрямована на ендонуклеазу грипу PA — складний двоядерний марганцевий фермент — дала інгібітори з IC₅₀ до 191 нм. Послання: координація металів була постійною сліпою плямою у відкритті обчислювальних ліків. Інтегруючи фізичні пріори безпосередньо в архітектуру, глибоке навчання нарешті може вирішити цю проблему — відкриваючи металоферменти для такого ж високопродуктивного скринінгу, який трансформував інші цільові класи. Стаття: